Né en 1989 à Punta Arenas au Chili, Juan Francisco González étudie le cinéma à la EICTV à San Antonio de los Baños.
En 2012, il réalise des documentaires pour le site mafi.tv, puis co-réalise les années suivantes les documentaires Propaganda (2014) et Dios (2019), films diffusés et primés au festival Visions du Réel. Juan Francisco a dirigé des ateliers pratiques et des résidences artistiques dans différentes régions du Chili, du Pérou et de France. Depuis 2018, Juan Francisco est réalisateur et producteur chez DOCLA.
En 2019, il réalise un stage de réalisation documentaire aux Ateliers Varan où il réalise Maria K.. Le film est diffusé au Cinéma du Réel en 2020 où il reçoit le Prix du Public « Première Fenêtre ». En 2022, Juan Francisco sort le court métrage Fantasmagoría à Doclisboa (Portugal).
Il a également été sélectionné pour participer à la résidence d'écriture au Moulin d'Andé (France), «Talents Guadalajara» (2020), «Talents Buenos Aires» (2021) et Basecamp Locarno (2021).